Các loài bò sát chính được tôn thờ có thể kể đến là rắn, cá sấu và rùa:

Thờ rắn

Con rắn là loài vật được tôn thờ, cúng bái trên khắp năm châu địa cầu. Xuất phát từ nỗi sợ rắn, con người thần thánh hóa loài rắn, coi như vị thủy thần và thờ cúng rắn để mong rắn không làm hại mình, bảo vệ cho mình. Hình tượng rắn được thờ phụng ở rất nhiều quốc gia, dưới nhiều hình thức biểu hiện khác nhau. Những hình thức này được ghi nhận ở thổ dân châu Úc, châu Phi, châu Mỹ, châu Á cho đến những nền văn minh lớn ở các châu lục đều có thờ rắn.

Ở Việt Nam, rắn cùng với hổ là một hình tượng phổ biến và có sức ám ảnh mạnh mẽ, phổ biến nhất của người Việt ở đồng bằng sông Hồng và Tây Nam Bộ. Tục thờ rắn như thủy thần không chỉ phổ biến ở đồng bằng Bắc Bộ mà còn có ở miền Trung, Tây Nguyên và cả miền Nam. Đây là một trong những tín ngưỡng nguyên thủy của người Việt cổ, xuất phát từ môi trường tự nhiên gắn với điều kiện sông nước, đầm lầy, hình tượng rắn đã được đồng hóa với nước, thủy thần gắn với tục thờ các vị thần tự nhiên. Nhiều nơi không chỉ thờ rắn với tư cách là thủy thần, mà còn xem rắn là vật tổ.

Thờ cá sấu

Ở Ai Cập, thần cá sấu cai quản các dòng nước và được thờ phụng, các con cá sấu đã được ướp xác và tôn thờ như là thánh thần. Những người Ai Cập cổ đại tôn thờ Sobek, một vị thần về đất đai là người với đầu là đầu cá sấu, việc thờ cúng Sobek rất phổ biến từ thời Vương quốc cổ. Sobek được miêu tả là một vị thần hung dữ và thô bạo, giống như những con cá sấu sông Nile[26]. Nhiều thổ dân ở vùng châu Phi còn có điệu vũ cá sấu phổ biến trong các lễ hội gọi đất và mặt trời. Thổ dân Aztec ở Mexico xem cá sấu là vị thần tạo ra đất đai, làng mạc. Thổ dân Maya cũng coi cá sấu là thần đất, thần bảo vệ trái đất.

Cuộc sống của người dân Việt Nam gắn liền với vùng sông nước nên từ xa xưa họ đã tôn sùng cá sấu là loài vật đại diện cho sự trù phú và sức mạnh, nguyên nhân một phần do cá sấu phổ biến và thường làm hại các cư dân quanh sông hay vồ táp những người lội sông, tắm sông. hình con cá sấu là môtíp trang trí khá phổ biến trên các đồ đồng Đông Sơn. Người Việt ở miền Tây Nam Bộ cũng theo tín ngưỡng thờ cá sấu và họ cá sấu như một biến thể của thần sông, người Việt xưa rất sợ cá sấu nên thường thờ đầu cá sấu bên sông.

Tại Cần Thơ còn một ngôi chùa cổ kính mang tên là chùa Ông Vàm Đầu Sấu. Từ sông Cái Lớn vào đến ngã Ba Tàu có ngôi miếu thờ thần Cá Sấu, người dân tròng vùng tôn kính và phong làm thần Sông. Ở Hải Phòng có trang trại nuôi cá sấu lớn nhất miền Bắc đã lập một cái đền trang trọng, để thờ cá sấu (cá sấu Xiêm)[27][28]. Tục thờ cá sấu được xem là tín ngưỡng cổ xưa của người Khmer, cá sấu được xem như một ác thần cai quản một phần sông nước. Người Khơ me Nam Bộ tôn thờ cá sấu, hình cá sấu được vẽ trên những lá cờ trắng treo trong chùa, hoặc thầy cúng cầm trong đám đưa tang[29].

Thờ rùa

Rùa là con vật biểu tượng cho sự trường thọ, sinh lực và sức chịu đựng. Rùa mang chiếc mai hình vòm trên lưng, biểu tượng cho bầu trời và phần mai phẳng dưới bụng biểu tượng cho mặt đất, bốn chân rùa tượng trưng cho 4 cực của thế giới. Trong kiến trúc và trang trí Việt Nam, rùa thường được thể hiện cùng các linh vật khác thuộc bộ tứ linh, nhưng phổ biến nhất là hình tượng “rùa đội bia” và “rùa đội hạc” trong các đình, chùa. Những người dân từ miền Bắc đi khai phá mang theo tín ngưỡng thờ thần rùa thể hiện khát vọng trường tồn và những ước muốn trong cuộc sống từ xưa cho đến nay được lưu giữ[4].

Theo truyền thuyết, rùa đã có nhiều thành tích trong việc dựng nước và giữ nước, như truyền thuyết Thần rùa Kim Quy giúp An Dương Vương làm nỏ thần đánh Triệu Đà và xây dựng thành Cổ Loa hay chuyện rùa thần đã giúp Lê Lợi đánh thắng quân Minh. Cho đến nay cá thể rùa Hồ Gươm còn được cả nước kính cẩn gọi bằng “cụ” vì rùa Hồ Gươm vốn gắn với truyền thuyết trả kiếm báu của vua Lê Lợi. Hồ Gươm và rùa đã thành những thứ linh thiêng, là hồn cốt của đất nước, nên việc gọi rùa Hồ Gươm bằng “cụ” được sự hưởng ứng, nhiều người coi “cụ” rùa Hồ Gươm là thánh thần[30][31].

Tại làng Nhân Mỹ, xã Thiệu Công, huyện Thiệu Hóa, Thanh Hóa có đền thờ vị “thần rùa” được thờ cúng. Hằng năm, mỗi dịp ngày rằm hay lễ Tết, mọi người dân đều đến thắp hương khấn vái thường xuyên, nơi “cụ rùa” nằm lúc nào cũng khói hương nghi ngút, "cụ rùa đá" đã trở thành vị Thần hoàng làng. Rùa đá quay đầu về hướng của nhà nào, nhà ấy gặp tử nạn do “cụ rùa đá” báo oán nên quyết định thờ tự và suy tôn là “thần rùa”, ai có hành động phỉ báng, xúc phạm đến nơi cụ nằm thì sẽ gặp xui, nhưng đó chỉ là lời đồn của những người mê tín dị đoan hay những người yếu bóng vía, hay đi lễ rồi thêu dệt lên những câu chuyện hoang đường cứ thế lưu truyền[32].

Tin đồn “rùa thần” hiển linh tại xã Xuân Yên, huyện Nghi Xuân, Hà Tĩnh, trên lưng con rùa xuất hiện dòng “chữ” lạ trên lưng khiến cho người dân cho rằng đó là thần rùa hiển linh. Họ cho rằng “rùa thần” xuất hiện báo hiệu một điều may mắn nên đã thả nó. Người dân ở đây còn cho rằng, con rùa là thần linh hiện thân để về ngôi đền Cá Ông, có thể là “rùa thần” hiển linh bởi nó xuất hiện vào thời điểm trùng hợp, có thể con rùa là hiển linh của thần trong ngôi đền theo nguyện ước của dân chúng về xem xét việc làm ăn[33].

Ở làng Trà Liên xã Triệu Giang, huyện Triệu Phong, Quảng Trị, khi khai quật mộ phát hiện một con rùa đá khổng lồ ở dưới, con rùa đá chỉ có ba chân, ở trên mai rùa còn có một tấm bia khắc chữ Hán, nó gắn với Giai thoại “rùa thần” báo oán, dân làng phạt vạ Phải sắm sửa lễ cúng tế để tạ lỗi và thỉnh “cụ rùa” về chỗ cũ. Nhiều người còn đồn rằng, vì mạo phạm "rùa thần" mà có gia đình bị thần linh trách tội. Từ khi phát hiện mộ rùa đá, dân làng coi đó như vật thiêng của làng và bảo vệ nghiêm ngặt. Vào mỗi ngày rằm, người dân trong làng có thể đến mộ rùa thắp hương cầu khấn[34].

Rùa bò vào cổng thành “rùa thần” là trường hợp ở xã Liên Thành, huyện Yên Thành, Nghệ An. Một đêm có phụ thấy con rùa lớn đang "nhìn" mình. Con rùa được đưa vào nhà và thành “thần rùa” ngay hôm sau. Có hàng trăm người ở trong thôn, xã kéo đến để tận mắt chiêm ngưỡng rùa lạ kì bí. Rùa là một loài vật thuộc hàng tứ linh, bỗng dưng xuất hiện được người dân tôn sùng có thể dễ hiểu[2]. Người dân xóm Chăm thấy con "ba ba" khổng lồ đặt dưới nền đất, nó nặng đến 121 kg, dài 1,53m, rộng tới 0,8m và đồn rằng, đó là linh vật do con vua Thủy Tề hóa thành, rất linh thiêng, nên những người tham gia bắt linh vật đều gặp vận rủi[35].